InDesignでフォントの置換を行うときには、スタイルを再定義する
ドキュメントで使われているフォントがインストールされていないときには[フォント検索]ダイアログボックスが表示されます。
何らかの理由でフォントを全置換する場合には、[すべてを置換した時にスタイルおよびグリッドフォーマットを再定義]にチェックを付けておくと、段落スタイルや文字スタイル、グリッドフォーマット内で指定しているフォントも再定義されます(これはInDesign CS3以降の機能です)。
追記:
[すべてを置換した時にスタイルおよびグリッドフォーマットを再定義]の「時」はひらいて欲しいですね。