Web用にIllustratorを使うなら[線の位置]は「外側」にするのが吉
Web用にIllustratorを使う、つまり、ピクセルプレビューをオンにする場合、1ピクセルの線幅を持つ四角形を作成する場合、四角形の大きさが小さいと、[線の位置]が「中央」または「内側」だとつぶれてしまいます。
[線の位置]は外側にするのがベターです。
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Illustrator CS2以降、Illustratorでは線の位置に「内側」「外側」を設定することができるようになっています。
こちらは内側を選んだキャプチャ。